לכל התקן אחסון ישנה מערכת קבצים אשר עליה נמצאים כל הקבצים של מערכת ההפעלה ושל המשתמש. לפני שמפרמטים את הכונן הקשיח במחשב או את הזיכרון הנייד (דיסק און קי), צריך להגדיר את סוג מערכת הקבצים אשר עליה תהיה מותקנת מערכת ההפעלה.

מערכות הקבצים הפופולאריות כיום, הן: FAT32 ,exFAT ו- NTFS שהיא גם החדשה ביותר.